Les 4 principaux affluents sont :

• l’Eau Morte, qui au fil de son écoulement qui prends tour à tour les noms de ruisseau de l’Alpettaz (à sa source), puis ruisseau des Combes, Saint Ruph, Glière et enfin Eau Morte (pour la lenteur de ses eaux) avant de se jeter dans le lac d’Annecy
• l’Ire, qui prends sa source au Col de Chérel sur la commune de Doucy en Bauges
• la Bornette
• Le Laudon

On peut ajouter à cette liste:

• Le Biolon
• La résurgence du Boubioz qui est une source sous-lacustre, et l’un des sites visités par les plongeurs dans le Lac d’Annecy

Il est tout à fait remarquable que l’essentiel (pour ne pas dire l’intégralité) des eaux du lac provienne de la rive Ouest